Основатель Макариевской премии — митрополит Макарий (Булгаков; 1816–1882), выдающийся иерарх Русской Православной Церкви, крупный общественный деятель, историк, богослов, автор монументальных трудов «История Русской Церкви» и «Православно-догматическое богословие», ординарный академик Императорской академии наук, почетный член российских духовных академий, лауреат полной Демидовской премии.
В 1867 г. владыка Макарий, в то время занимавший Харьковскую кафедру, пожертвовал государству полученные им от издания своих сочинений 120 000 руб., чтобы на проценты с этой суммы ежегодно присуждались премии его имени за лучшие труды по богословским и светским наукам поочередно Святейшим Синодом и Императорской академией наук. 8 мая 1867 г. император Александр II утвердил «Главные положения для присуждения премии архиепископа Харьковского и Ахтырского Макария за лучшие сочинения по наукам светским», а в 1868 г. — «Положение о конкурсах на премии Преосвященного Макария, архиепископа Харьковского и Ахтырского, за сочинения по предметам богословским и вообще духовного звания». Размер полной премии был внушительным — 1500 руб., неполная премия составляла 1000 руб. За один конкурс не присуждалось более двух полных и трех неполных премий. Вручение наград должно было начаться после смерти ее основателя. Однако еще при его жизни, начиная с 1869 г., Святейший Синод с разрешения владыки стал присуждать ежегодную премию за лучшие учебники и учебные пособия по предметам, преподаваемым в духовных семинариях и училищах.
Первое присуждение за лучшие труды по богословским наукам состоялось в 1884 г., по светским — в 1885 г. Святейшим Синодом были награждены С.А. Белокуров (1894), А.П. Голубцов (1894), Н.Н. Глубоковский (1892), А.П. Доброклонский (1886, 1892), иеромон. Никон (Рождественский, 1888) и мн. др. Среди удостоенных премией Императорской академией наук были историки Д.Ф. Масловский (1887), А.Ф.Петрушевский (1903), Г.В.Форстен (1895), литературовед М.Н.Розанов (1907, 1913), географ-путешественник И.В. Мушкетов (1887, 1893), физики Э.Е. Лейст (1893, 1899, 1905), Н.А. Булгаков (1905), гидролог адмирал С.О.Макаров (1887, 1893), специалисты в сфере сельского хозяйства В.В. Докучаев (1885), А.С. Ермолов (1893), С.Н. Алфераки (1905) и мн. др. Последнее известное нам присуждение премий Святейшим Синодом состоялось в 1917 г., Императорской академией наук — в 1919 г.
В 1995 г. по инициативе Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и при поддержке и деятельном участии соучредителей – мэра Москвы Ю.М. Лужкова и президента Российской академии наук академика Ю.С. Осипова Макариевская премия была возрождена (ее официальное название — премия памяти митрополита Макария (Булгакова)) в области исторических знаний. Для проведения конкурса на соискание премии был основан Фонд по премиям памяти Митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова). В настоящее время высокими соучредителями Фонда являются Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (с 2011), президент Российской академии наук академик В.Е. Фортов (с 2012) и мэр Москвы С.С. Собянин (с 2011). Макариевский Фонд успешно участвует в пропаганде лучших научных исследований в области исторических знаний и стимулирует соискателей конкурса.
Членами Комитета по премиям памяти митрополита Московского и Коломенского Макария являются учредители, а также: председатель Фонда митрополит Ташкентский и Узбекистанский Викентий; митрополит Истринский Арсений (Епифанов); ректор МГУ имени М.В. Ломоносова академик РАН В.А. Садовничий; председатель Экспертного совета Макариевского Фонда, декан исторического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова академик РАН С.П. Карпов; руководитель ЦНЦ «Православная энциклопедия», ответственный редактор издательства «Большая Российская энциклопедия» С.Л. Кравец. До 2001 г. в состав Комитета входил епископ Верейский Евгений (Решетников), до 2007 г. — чл.-корр. РАН Я.Н. Щапов. В 1995–1999 гг. исполнительным директором Фонда был д.и.н. В.В. Черепанов, в 2000–2003 гг. председателем Фонда являлся митрополит Воронежский и Липецкий Мефодий (Немцов), с 2003 г. организацию возглавил архиепископ Екатеринбургский и Верхотурский Викентий (Морарь; с 2011 митрополит Ташкентский и Узбекистанский).
Премии вручаются раз в два года. 1-й конкурс был проведен в 1997 г. с присуждением 7 премий (1 первая, 2 вторых, 3 третьих, 1 молодежная) по 2 номинациям: «История Русской Православной Церкви» и «История Москвы». В 1999 г. количество премий по каждой номинации было сокращено до 5 (1 первая, 1 вторая, 2 третьих, 1 молодежная). Впоследствии вводились новые номинации: в 1999 г. — «История России» (5 премий), в 2005 г. — «История православных стран и народов» (5 премий), в 2007 г. — «Учебник или учебное пособие, представляющие вклад в науку в одной из существующих номинаций» (1 премия), в 2013 г. — «За достижения в популяризации научно-исторических знаний» (1 премия). В 2005 г. номинация «История Москвы» была расширена и получила наименование «История Москвы и историческое краеведение». По предложению Экспертного совета и решению Комитета могут не присуждаться некоторые из премий или в виде исключения вводятся дополнительные. Например, в 2003 г. была присуждена специальная премия «За выдающийся вклад в развитие отечественной исторической науки» д.и.н. заслуженному профессору РГГУ С.О. Шмидту.
Представленные на конкурс труды рассматриваются Экспертным советом Фонда, в который входят известные специалисты-историки. Всего в работе совета за истекшие 20 лет приняли участие 35 человек. Первым председателем Экспертного совета был чл.-корр. РАН, д.и.н. Я.Н. Щапов (1995–1997), с 1999 г. его возглавляет академик РАН С.П. Карпов. Ответственными секретарями были иеромонах Никон (Каширин; 1995–1999); член Союза журналистов России А.Л. Савельев (2001–2003); к.т.н., доцент Э.Ф. Гамаюнова (с 2003). Члены Экспертного совета: д.и.н. А.Ю. Андреев (с 1999), к.богословия игум. Андроник (Трубачёв; 1997), магистр богословия прот. Валентин Асмус (с 1997), д.и.н. Л.А. Беляев (с 2015), к.и.н. С.А. Беляев (1997–2009), д.и.н. Н.С. Борисов (с 2009), к.и.н. О.Ю. Васильева (1997), д.филол.н. Е.М. Верещагин (2011–2013), к.богословия прот. Афанасий Гумеров (1997), д.и.н. С.В. Девятов (с 2015), д.и.н. Ю.Н. Емельянов (с 1999), к.и.н. Г.М. Запальский (с 2015), к.и.н. В.Ф. Козлов (с 1999), к.философ.н. С.Л. Кравец (с 1997), д.и.н. Н.Н. Лисовой (с 2009), д.богословия, д.церковной истории архим. Макарий (Веретенников; с 1999), д.и.н. С.В. Мироненко (с 2007), к.и.н. свящ. Андрей Постернак (с 2005), к.искусств. А.А. Преображенский (1997), д.искусств.А.В. Рындина (1999–2009), чл.-корр. РАН, д.искусств. В.В. Седов (с 2011), д.и.н. Н.В. Синицына (1999–2013), к.и.н. А.А. Турилов (с 2005), д.и.н. В.А. Федоров (1999–2001), чл.-корр. РАН, д.и.н. Б.Н. Флоря (1999, с 2003), д.и.н. Н.И. Цимбаев (1997), д.церковной истории прот. Владислав Цыпин (2001), д.и.н. И.С. Чичуров (2005–2007), директор ГИМ А.И. Шкурко (1999–2009), чл.-корр. РАН, д.и.н. Я.Н. Щапов (1997–2007), д.филол.н. Е.М. Юхименко (с 2011). Решения Экспертного совета выносятся на утверждение Комитета по премиям памяти митрополита Московского и Коломенского Макария.
Для оценки поступивших работ Экспертным советом назначаются рецензенты. Каждая работа рецензируется двумя специалистами, в спорных вопросах назначается третий рецензент. В финале после аргументированного обсуждения работ проводится рейтинговое тайное голосование. В рецензировании работ принимают участие академики и члены-корреспонденты РАН и РАХ, доктора наук, магистры церковной истории и богословия, кандидаты наук, кандидаты богословия. По ведомственной принадлежности рецензентами являются сотрудники МГУ имени М.В. Ломоносова, институтов РАН, ведущих музеев (Московский Кремль, ГИМ, Третьяковская галерея и др.), МДА, РГГУ, РАХ, ПСТГУ, ЦНЦ «Православная энциклопедия» и др.
Соискателей рекомендуют на конкурс ученые советов институтов РАН, вузов, музеев, библиотек, правящие архиереи, академики и члены-корреспонденты РАН, лауреаты Макариевской премии.
В результате тщательной экспертизы и непредвзятой оценки лауреатами за 1997–2015 гг. стали 174 соискателя, в их числе: митр. Илларион (Алфеев, 2005), Б.М. Клосс (1999), А.В. Назаренко (2001), Б.Н. Флоря (1997, 2001), прот. В.А. Цыпин (1997, 1999), Я.Н. Щапов (2009) и др. За этот период общее число соискателей составило 1504 человека практически из всех субъектов Российской Федерации, а также ближнего и дальнего зарубежья (Белоруссия, Казахстан, Украина, Узбекистан, Молдова, Латвия, Приднестровье, Черногория, Венгрия, Азербайджан, Киргизия, Болгария, Кипр, Италия, Австрия, Нидерланды, США, Великобритания, Австралия, Финляндия и др.). По Iноминации «История Православной Церкви» начиная с 1997 г. подано 572 работы, по IIноминации «История России» с 1999 г. — 505 работ, по IIIноминации «История Москвы и историческое краеведение» с 1997 г. — 203 работы, по IVноминации «История православных стран и народов» с 2005 г. — 141 работа, по V номинации «Учебник или учебное пособие, представляющие вклад в науку в одной из существующих номинаций» с 2007 г. — 70 работ, по VI номинации «За достижения в популяризации научно-исторических знаний» с 2013 г. — 13 работ.
Как правило, торжественное вручение Макариевских премий проходит в конференц-зале Президиума Российской академии наук (Москва, Ленинский проспект, д. 14) под сопредседательством высоких учредителей. Лауреатам вручаются дипломы, медали лауреатов, памятные медали, денежные премии и многотомный труд митрополита Макария «История Русской Церкви», номинантам — почетные благодарности, памятные медали.